さて、更正の除斥期間は原則として「５年」と定められています（国税通則法第７０条第１項）。
税務上の時効は最大で「７年」ですが、６～７年前については、国税通則法第７０条第４項の規定により、「偽りその他不正行為」があった場合に遡ることになっており、あくまでも「偽りその他不正行為」を認定するのは国税側の問題ですから、自主修正申告は最大でも５年と理解することができます。これが原則となる考え方です。
東京局法人課税課が出している「法人課税内部事務質疑応答集」（この内部規定を検索等で見ることはできません）には、「７期分の自主修正があった場合の取り扱い」という項目があり、
「当該申告書は無効であり、取り下げをしょうようする。応じない場合は、申告書の効力のない旨の通知を行う。偽りその他不正の行為に基づく場合以外の更正又は決定は法定申告期限から５年を経過した日以後は行うことができないとされる７０条の規定は、課税庁のみを拘束するものであり、納税者までをも拘束するものではない。」
とあって、自主修正申告の場合、６～７年前を提出できないと国税側が判断していることがわかります。
自主修正申告は３年か５年か？
ここで判断に悩むのが、誤りがあった場合に「５年以内の何年分の修正申告を事前に提出すべきか？」という点です。まず、下記の前提条件として解説します。
- 事前通知は３年（３期）分
- 事前に見直したところ明らかな誤りがあった
- その誤り箇所は過去からずっと続いている
この場合において、３年分の修正申告を提出するリスクは、調査において５年分遡られることです。
Ａの誤りを是正した修正申告を３年分調査前に提出
⇒
調査においてＢという別の誤りが発覚した
⇒
Ｂは４～５年前も誤っている
⇒
調査で４～５年前に遡られる（調査期間の延伸）
⇒
結局、Ａの４～５年前も否認対象になる
「調査対象期間が３年から５年に延びる要件」
https://kachiel.jp/?p=13657
３年分か５年分かを判断する基準
事前に何年分の修正申告を提出するかは、大きく２つの判断要素があると考えてください。
一方で、他にも誤りなどが容易に想定できる（自信がない）場合は、５年分の修正申告を提出しておいたほうが無難とも考えられます。また上記Ｂなど他に誤りがあったとしても、調査期間が４～５年前に延伸されるとは断言できません。結果として、３年分で終わる可能性もあるでしょう。
一方で、平成２９年１月１日以後に法定申告期限が到来する調査対象年分については、事前の修正申告に対して５％の加算税、それ以前分は加算税が課されないことに区分する必要があります。
例えば、令和元年の秋に事前通知を受けた税務調査事案において、３月決算法人で３期分は「平成３１年３月期」「平成３０年３月期」「平成２９年３月期」となり、事前の修正申告をしても５％の加算税が課されますが、調査対象が５期分と考えると、「平成２８年３月期」「平成２７年３月期」は加算税が課されない期間になり、加算税の差額は５％と１０％と相違することになります。この差を大きいと考えるのか小さいと考えるのかは顧問先や税理士によって相違するとは思いますので、そこは考え方・意向によって修正申告を提出する年分が相違するものと考えます。
ただし、誤り箇所が重加算税の対象となると危惧される場合は、３５％の差分になりますし、重加算税を課されるリスクは高いですから、保守的に５年分の修正申告をしておくべきでしょう。
贈与の場合は注意が必要
さて、ここで１つ注意が必要なのは、更正の除斥期間は原則として５年ですが、贈与税については６年となっています。
ですから、相続が発生し、贈与税の申告をしていないことが発覚した際に、贈与税の期限後申告を提出することになった場合、最大で５年ではなく、６年分の期限後申告を提出することになります。
この点も注意して、自主修正申告・期限後申告を提出する年分を考慮する必要がありますので、ぜひ注意してください。
