相談会の皆さんこんにちは。
宗教法人の調査後の源泉所得税の取り扱いについて教えてください。

・税目　源泉所得税、所得税

・対象顧客　宗教法人

・前提条件　宗教法人の調査において源泉所得税の修正がおこなわれた

・質問     宗教法人の調査において個人的支出と認められる部分は代表者に対する
        給与となります。この源泉所得税の修正は代表者の年末調整を基に追加納税
を
        宗教法人名義でおこないます。
        この追加納税はあくまでも年末調整時の所得控除を基に計算されますので、
その修正があった年度に
        多額の医療費控除等により確定申告している場合には、年末調整時の税率と
確定申告時の税率が
        異なる事となります。こちらの税率の差異により追加納税が過大となってい
る部分の取り扱いは
        どうなりますでしょうか。
        ①　年末調整時の税率で計算された金額を宗教法人が納付して終了
        ②　代表者個人が更生の請求をおこなう
        ③　そもそも該当年度に確定申告をおこなっているのであれば年末調整時の
所得控除ではなく
                確定申告時の所得控除をつかって追加納税をするのが正しい

よろしくお願いいたします。