税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】

国際税務＜法人税／消費税＞（内藤昌史税理士）

【対象顧客】

法人

【前　　提】

Ｘ：日本国内にのみ事業所がある法人で、工業デザインによるロイヤリティが主な収入
Ｙ：ドイツの法人で、Ｘにロイヤリティを支払っている

【質　　問】

これまで、Ｙから支払われるロイヤリティについては、
租税条約により免税となり、源泉徴収されていませんでした。
昨年度、免税証明書の有効期間が終了するため、
Ｘが免税証明書の交付申請手続きを行いましたが、
発行に時間がかかっており、まだしばらくは発行されない見込みです。
そこで、いったん源泉徴収された金額で支払ってもらい、
免税証明書が入手出来てから還付申請を行うことを検討しています。
その場合、問題となることはあるでしょうか。
時間がかかっても、免税証明書が発行されてから
源泉徴収なしで支払ってもらった方が良いでしょうか。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】

源泉所得税の改正のあらまし（日独新租税協定関係）（2016年10月）
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/gensen/0016010-034.pdf