税務相互相談会の皆さん

下記について教えて下さい。

【税　　目】

法人税（鎌塚祟文税理士）,消費税（金井恵美子税理士）

【対象顧客】

法人

【前　　提】

・12月決算法人
・申告書提出後に決算のやり直しを行い、大量の会計修正が発生
　（体制の変更により税理士の変更や経理の混乱が要因）。
　課税所得、消費税額は減少したが、更正の請求は行わなかった。
・翌期の申告は別表5(1)上で、繰越利益（未更正）のみを調整する形で
　会計数値との調整を行った。
・その後、更正の請求期限直前に法人税、消費税申告に係る更正の請求を提出
・更正の請求は本来あるべき課税所得に基づく法人税額・消費税額について行った

【質　　問】

・所轄税務署から修正対象となったすべての取引(100件以上)についての
　証憑を求められたが、時間もかなり経過していることもあり、一部に
　欠落が生じた(更正の請求額に対する影響は僅少）。
・これに対し、税務署の担当者の見解は、「すべての証憑が具備されていない限り、
　更正の請求を行うことはできない。いったん取り下げを行い、
　証憑がない部分をのぞいて、もう一度提出すべきだが、すでに
　請求期限が過ぎてしまっているので、それができない限り更正の請求の
　審査を進められない」とのことでした。
・当方は、一部証憑がない部分について認めることができないのであれば、
　これを除いた部分について、更正決定を行えば済むとの見解です。
・所轄税務署の担当者の意見が正しいのか、どのような法的な根拠に
　基づくものなのかご教示いただけますでしょうか。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】

対象となる参考条文等はございません。