税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】

法人税（鎌塚祟文税理士）

【対象顧客】

法人

【前　　提】

１．A社は12月決算の法人である
２．過去に申告期限の延長の届出を提出しており1か月の申告期限の延長が適法に認められている
　　（定款に基づく（3か月以内）期限の延長である）
３．2月27日に定時株主総会を開催して、計算書類を提出、当該計算書類に基づき2月29日に申告書を提出した。
４．3月に入り、事後的に修正を行いたい事項が発生したため、計算書類の訂正を考えている。
５．訂正の方法としては再度の株主総会決議の取り直しを予定している。
　　（株主の同意をえて差し替えにすることも可）
６．本件について、同社の同社弁護士からは、決議の取り直し自体は可能、
　　株主の同意があれば差し替えによる取り直しも可能である旨法的見解を得ている※
　　※ここでの可能とは株主間の利害関係上は問題ないという意味であると理解している
７．訂正の具体的内容は租税特別措置法第65条の７、租税特別措置法第65条の８に基づく買換特例及び特別勘定の適用関係を見直すというものである
８．具体的には圧縮記帳をしていた資産を取りやめ、
　　他の取得予定資産に充てることとしたいとするものである。
　　そのため、損益計算書において固定資産圧縮損と圧縮特別勘定繰入額、
　　貸借対照表において土地と圧縮特別勘定の入り繰りが生じる。（利益金額に影響はなし）
９．また、本件に際して申告に先んじて、
　　「特定の資産の買換えの場合における特別勘定の設定期間延長承認申請書」を期限まで（2月末）に提出している（2月27日提出・株主総会確定確認前）。
１０．会社としての要望は3月に入り取得予定資産が明確化したため本制度を適用するために適用関係を見直したいという趣旨である。
１１．もし修正を行う場合には決算として９の資産を取得予定資産から取り外す処理もありうる

【質　　問】

以上のような状況に基づき、2点ご質問をさせていただきたく、よろしくお願いいたします。

質問１
本件に関しては申告期限内であるため、修正申告ではなく、訂正申告であると考えられますので、
差し替えた申告書の提出自体は可能であると考えています。
一方で、株主総会における計算書類の取り直しについては会社法上は予定していないと解しています。
本件において、2月末での株主総会の決議における訂正前の計算書類について、税務上はどのように取り扱われるでしょうか？
申告期限までに最終確定した計算書類が最終のものと考えて差支えないでしょうか。
（厳密に、株主総会の決議を取り直した方がよい、とする意見と、その時点で間違っていたので差し替えだとする意見がございます）

質問２
「特定の資産の買換えの場合における特別勘定の設定期間延長承認申請書」については確定決算とリンクしておらず、
譲渡した事業年度終了の日の翌日から2か月以内に提出することとしています。
この場合、事後にこれを取得予定資産として採用しないという決断をした場合に当該設定期間延長承認申請書の効力はどのようになるでしょうか？
取り下げなどの手続が別途必要でしょうか。あるいは当該届出に決算において確定させるべき特別勘定積立額が拘束されるでしょうか？

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】

C1-17　定款の定め等による申告期限の延長の特例の申請
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_12.htm

C1-56　特定の資産の買換えの場合における特別勘定の設定期間延長承認の申請
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_39.htm

本件、以前ご相談させていただいた
soudan 02384
の続きになります。
当時参考条文等
【参考条文・通達・URL等】
・第65条の7 特定の資産の買換えの場合の課税の特例｜租税特別措置法
・第65条の8 特定の資産の譲渡に伴い特別勘定を設けた場合の課税の特例｜租税特別措置法
・第39条の7 特定の資産の買換えの場合等の課税の特例｜租税特別措置法施行令
・65の7（2）-1 買換資産を当該法人の事業の用に供したことの意義｜租税特別措置法関係通達
・65の7（2）-2 買換資産を当該法人の事業の用に供した時期の判定｜租税特別措置法関係通達
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kobetsu/hojin/sochiho/750214/10/10_65_7_02a.htm
・特定の資産の譲渡に伴う特別勘定を設けた場合の取得 予定資産の明細書
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/shinkoku/itiran2017/pdf/f03.pdf
・特定の資産の買換えの場合における特別勘定の設定期間延長承認の申請
https://www.nta.go.jp/taxes/tetsuzuki/shinsei/annai/hojin/annai/1554_39.htm