税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】

法人税

【対象顧客】

法人

【前　　提】

・令和7年5月1日、一般社団法人甲（存続法人）が
一般財団法人乙（消滅法人）を吸収合併した。

・乙社は診療所と障害者施設を営んでいた。
甲社も同様である。

・甲社は令和7年1月31日に設立された法人であり、
乙社の事業を承継する目的で設立された経緯がある。

・現在、期限後申告として、乙社の令和7年4月期（みなし事業年度1か月間）に
係る法人税申告の準備を進めている。

・乙社は3月決算であり、甲社は12月決算である。

・両法人とも持分の定めのない法人であり、出資及び基金はない。

・両法人とも普通型であり、非営利型とは認められていない。

・合併に際し、対価の交付は行われていない。

・令和8年3月までは、甲社と乙社の代表理事は同一人物である。
また、乙社の理事6名及び監事1名は、いずれも甲社の役員に就任している。
この他に新たに1名だけが甲社の理事に就任した。

・乙社には青色申告書を提出した事業年度に
生じた繰越欠損金が約6,800万円あり、
甲社への引継ぎの可否が問題となっている。

・甲社の事業目的（定款）は、乙社の事業目的と同一の文言である。
従業員は合併契約により全員が甲社へ引き継がれている。


【質　　問】

本件合併が適格合併に該当するか否かの判定に当たり、
いずれの類型により判定すべきかについてご教示ください。

なお不足する資料・情報がございましたらご指摘いただけますと幸いです。


私見は次のとおりです。


完全支配関係及び支配関係は、発行済株式又は出資の保有関係により
定義されているため（法人税法第2条十二の七の五、
同条十二の七の六、法人税法施行令第4条の2）、
持分の定めのない法人である一般社団法人及び一般財団法人については、
これを観念する余地がないと考えます。
したがって、本件では法人税法第2条十二の八イ及び
ロによる判定を行うことはできず、共同事業を行うための
合併に該当するか否か（法人税法第２条十二の八ハ、
法人税法施行令第4条の3第4項）によって
適格を判定するほかないと考えます。


この点、国税庁質疑応答事例「一般財団法人間の合併に対する
適格判定における『事業関連性要件』の判定」においても、
両法人の間に株式等の保有関係が存在しないことから
共同事業要件により判定する旨が示されているという認識です。


つきましては次の3点についてご教示いただけますでしょうか。


1　本件のような持分の定めのない法人間の合併について、
法人税法第2条十二の八ハ（共同事業要件）によって
適格判定を行うほかないという理解でよいでしょうか。


2　代表理事が同一人物であることや役員構成が
実質的に同一であることは、法人税法第2条十二の七の五及び
同十二の七の六にいう支配関係又は完全支配関係の判定に
影響を及ぼさないという理解でよいでしょうか。


3　本件が無対価合併であることは、上記1の
判定枠組みに影響を及ぼすでしょうか。
無対価合併に係る法人税法施行令第４条の3第2項の限定は
完全支配関係による判定の場面において考慮されることであり、
共同事業要件による判定には及ばないと考えますが、
この理解で相違ないでしょうか。


よろしくお願い申し上げます。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】

法人税法第2条十二の七の五、同条十二の七の六
法人税法施行令 第4条の2
法人税法第2条十二の八イ、ロ、ハ
法人税法施行令第4条の3第2項、第4項
国税庁質疑応答事例「一般財団法人間の合併に対する適格判定における『事業関連性要件』

【添付資料】

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