[soudan 20134] 新設法人による非上場株式の買い集めにかかる課税関係
2026年6月29日
税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。
【税 目】
所得税＜譲渡所得＞（石田一弘税理士）,相続・贈与税＜財産評価＞（井上幹康税理士）
【対象顧客】
法人
【前 提】
X社の株式を新設法人A社で買い集める予定です。
X社の株主は創業者一族グループ36%、一般社団法人29%、
従業員持株会27%、その他の少数株主8%です。
・まず同族株主の判定について
50％を超える株主グループがいないため30％を
超えている「創業者一族グループ」が同族株主になると思います。
A社は創業者一族グループの内の一人が出資者となるため
A社も同族株主に該当すると考えます。
一般社団法人については実質支配力基準で同族株主には
該当しないと判断しています。
具体的には社員総会の中で上記「創業者一族グループ」の
同族関係者が持つ議決権、つまり同族株主の同族関係者である
社員の数が全体の50％未満であるため同族株主が
一般社団法人を実質的に支配しておらず
当該一般社団法人は同族株主には該当しないと判断しました。
・株式の評価方法について
同族株主がいる会社で同族株主以外の株主に該当する
という事は一般社団法人がA社にX社株式を譲渡する場合には
配当還元方式で時価を算定することになると考えます。
次に従業員持株会の構成員からX社株式を直接A社が
買い取る場合について、持株会の中でやり取りを
するわけではないので、原則的評価もあり得ることになる
と思いますが、従業員持株会の構成員も、
同族株主がいる会社で同族株主以外の株主に該当するため
配当還元方式で計算すると判断しました。
またその他の株主についても従業員持株会の構成員と
同様に考えて、同族株主以外の株主になるため
配当還元方式で計算すると判断しました。
以上は売主側から見た時価の話です。
ここで、A社は同族株主と判定されると考えています。
その場合株式を買い取る側が同族株主であるということは
買主側の時価は原則的評価、かつ法人税上の時価になると考えます。
X社株式の実際の買い取り予定金額について
一般社団法人からの買い取りは配当還元方式により
計算した価額＠1200円を予定しており、
従業員持株会の構成員とその他の少数株主は
今までの貢献度合いを加味して配当還元方式の価額ではなく
＠24,000円で買取を予定しています。
なお額面は＠1,000円、相続税評価額は
＠100,000円、法人税上の時価は＠160,000円です。
上記の価額で売買取引を行う場合、買主側A社は
法人税上の時価160,000円と1,200円または24,000円との
差額に対して法人税の受贈益課税、売主側はその差額に対して
みなし譲渡課税等が発生すると考えます。
【質 問】
質問１
A社、創業者一族グループ、一般社団法人、
従業員持株会、その他の少数株主、の５者それぞれの
同族株主の判定に誤りはないでしょうか。
質問２
取引相場のない株式の時価を評価するにあたり
A社と創業者一族グループが同族株主であり、
この２者側の株価評価は原則的評価による評価額、
それ以外の３者（一般社団法人、従業員持株会、
その他の少数株主）側の株価評価は特例的評価方法
（配当還元方式）による評価額がそれぞれにとっての
時価になるという認識で誤りはないでしょうか。
質問３
そもそも一般社団法人、従業員持株会の構成員、
その他の少数株主について、創業者一族グループから見ると親族や同族関係者に
は当たらないため、第三者と言えると思います。
純然たる第三者かどうかという視点では難しいかもしれませんが、
同族関係者以外の相手であり、買主を意識した売主側の
価格提示に対する買主側の了承という事も含めて売主と買主の
合意により決定した価格であり恣意性は介入していないという事を
もって譲渡価格自体そのものが時価であるという主張は
認められないでしょうか。
質問４
譲渡価格が時価ではないと税務署から指摘された場合について、
一般社団法人に関しては売主側の時価は配当還元方式に
より計算した価額1,200円と考えます。
1,200円で譲渡を行う場合、
買主側A社は法人税上の時価160,000円と1,200円との
差額に対して法人税の受贈益課税、売主側で
ある一般社団法人は額面1,000円と売価1,200円との
差額が単純に譲渡益となり、160,000円と1,200円との
差額に対して寄付金課税が発生するリスクが
あると考えますが、間違いないでしょうか。
問題５
また従業員持株会の構成員とその他の少数株主の
内個人に対しては貢献度合いを加味して24,000円で
A社が買い取る予定です。
24,000円で譲渡する場合、
買主側A社は法人税上の時価160,000円と24,000円との
差額に対して法人税の受贈益課税、
売主側は1,000円と1,200円の差額は譲渡益課税
1,200円と24,000円の差額が個人は
給与課税or一時所得課税
24,000円と160,000円の差額が
個人はみなし譲渡課税（譲渡所得税課税）
が発生するリスクがあるという認識で間違いありませんでしょうか。
問題６
その他の少数株主の内法人に対しても24,000円で
A社が買い取る予定です。
24,000円で譲渡する場合、
売主側は1,000円と1,200円の差額は譲渡益課税
1,200円と24,000円の差額についても法人の場合は単純に譲渡益、
24,000円と160,000円の差額が
法人の場合は寄付金課税、
が発生するリスクがある
という認識で間違いありませんでしょうか。
以上宜しくお願い致します。
【参考条文・通達・ＵＲＬ等】
所基通59-6
下記について教えて下さい。
【税 目】
所得税＜譲渡所得＞（石田一弘税理士）,相続・贈与税＜財産評価＞（井上幹康税理士）
【対象顧客】
法人
【前 提】
X社の株式を新設法人A社で買い集める予定です。
X社の株主は創業者一族グループ36%、一般社団法人29%、
従業員持株会27%、その他の少数株主8%です。
・まず同族株主の判定について
50％を超える株主グループがいないため30％を
超えている「創業者一族グループ」が同族株主になると思います。
A社は創業者一族グループの内の一人が出資者となるため
A社も同族株主に該当すると考えます。
一般社団法人については実質支配力基準で同族株主には
該当しないと判断しています。
具体的には社員総会の中で上記「創業者一族グループ」の
同族関係者が持つ議決権、つまり同族株主の同族関係者である
社員の数が全体の50％未満であるため同族株主が
一般社団法人を実質的に支配しておらず
当該一般社団法人は同族株主には該当しないと判断しました。
・株式の評価方法について
同族株主がいる会社で同族株主以外の株主に該当する
という事は一般社団法人がA社にX社株式を譲渡する場合には
配当還元方式で時価を算定することになると考えます。
次に従業員持株会の構成員からX社株式を直接A社が
買い取る場合について、持株会の中でやり取りを
するわけではないので、原則的評価もあり得ることになる
と思いますが、従業員持株会の構成員も、
同族株主がいる会社で同族株主以外の株主に該当するため
配当還元方式で計算すると判断しました。
またその他の株主についても従業員持株会の構成員と
同様に考えて、同族株主以外の株主になるため
配当還元方式で計算すると判断しました。
以上は売主側から見た時価の話です。
ここで、A社は同族株主と判定されると考えています。
その場合株式を買い取る側が同族株主であるということは
買主側の時価は原則的評価、かつ法人税上の時価になると考えます。
X社株式の実際の買い取り予定金額について
一般社団法人からの買い取りは配当還元方式により
計算した価額＠1200円を予定しており、
従業員持株会の構成員とその他の少数株主は
今までの貢献度合いを加味して配当還元方式の価額ではなく
＠24,000円で買取を予定しています。
なお額面は＠1,000円、相続税評価額は
＠100,000円、法人税上の時価は＠160,000円です。
上記の価額で売買取引を行う場合、買主側A社は
法人税上の時価160,000円と1,200円または24,000円との
差額に対して法人税の受贈益課税、売主側はその差額に対して
みなし譲渡課税等が発生すると考えます。
【質 問】
質問１
A社、創業者一族グループ、一般社団法人、
従業員持株会、その他の少数株主、の５者それぞれの
同族株主の判定に誤りはないでしょうか。
質問２
取引相場のない株式の時価を評価するにあたり
A社と創業者一族グループが同族株主であり、
この２者側の株価評価は原則的評価による評価額、
それ以外の３者（一般社団法人、従業員持株会、
その他の少数株主）側の株価評価は特例的評価方法
（配当還元方式）による評価額がそれぞれにとっての
時価になるという認識で誤りはないでしょうか。
質問３
そもそも一般社団法人、従業員持株会の構成員、
その他の少数株主について、創業者一族グループから見ると親族や同族関係者に
は当たらないため、第三者と言えると思います。
純然たる第三者かどうかという視点では難しいかもしれませんが、
同族関係者以外の相手であり、買主を意識した売主側の
価格提示に対する買主側の了承という事も含めて売主と買主の
合意により決定した価格であり恣意性は介入していないという事を
もって譲渡価格自体そのものが時価であるという主張は
認められないでしょうか。
質問４
譲渡価格が時価ではないと税務署から指摘された場合について、
一般社団法人に関しては売主側の時価は配当還元方式に
より計算した価額1,200円と考えます。
1,200円で譲渡を行う場合、
買主側A社は法人税上の時価160,000円と1,200円との
差額に対して法人税の受贈益課税、売主側で
ある一般社団法人は額面1,000円と売価1,200円との
差額が単純に譲渡益となり、160,000円と1,200円との
差額に対して寄付金課税が発生するリスクが
あると考えますが、間違いないでしょうか。
問題５
また従業員持株会の構成員とその他の少数株主の
内個人に対しては貢献度合いを加味して24,000円で
A社が買い取る予定です。
24,000円で譲渡する場合、
買主側A社は法人税上の時価160,000円と24,000円との
差額に対して法人税の受贈益課税、
売主側は1,000円と1,200円の差額は譲渡益課税
1,200円と24,000円の差額が個人は
給与課税or一時所得課税
24,000円と160,000円の差額が
個人はみなし譲渡課税（譲渡所得税課税）
が発生するリスクがあるという認識で間違いありませんでしょうか。
問題６
その他の少数株主の内法人に対しても24,000円で
A社が買い取る予定です。
24,000円で譲渡する場合、
売主側は1,000円と1,200円の差額は譲渡益課税
1,200円と24,000円の差額についても法人の場合は単純に譲渡益、
24,000円と160,000円の差額が
法人の場合は寄付金課税、
が発生するリスクがある
という認識で間違いありませんでしょうか。
以上宜しくお願い致します。
【参考条文・通達・ＵＲＬ等】
所基通59-6
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