税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】

法人税

【対象顧客】

法人

【前　　提】

・R7.9月期に税務調査がありました。

・在庫から値引き金額をマイナスして計上しています。

・マイナスする金額を誤って2回ひいていました。

・指摘事項は修正申告書提出済みです。


【質　　問】

いつもお世話になっております。

事務機器販売会社です。


先日、R7.9月期の決算について税務調査がありました。

指摘事項は在庫の過少計上です。


☆R7.9月期（前期）

当初の期末在庫を　8000円　と仮定します。


誤って計算　※　8000＝（10000－＠1000-＠1000）

実地棚卸表の計算が誤っていました。

本来なら単価の値引き分1000円のみマイナスして棚卸を
計上すべきところ、操作ミスで1000円×2の
2000円差し引いて棚卸を計算していました。


正しい在庫は9000円です。
9000＝（10000-＠1000）

R7.9月期に修正申告書を提出しました。



【税務上仕訳】　（借方）商品　1000　/　（貸方）売上原価　1000　（加算・留保）


☆R8.9月期（当期）

税務上は在庫を訂正しましたが、会計上、実地棚卸表上の
在庫は少ないままなので、会計上で受入の仕訳をしました。


【会計上】　（借方）商品　1000　/　（貸方）売上原価　1000

会計上、受入仕訳を計上したため、R8.9月期では、
前期の修正仕訳を申告書上減算する予定です。


【税務上仕訳】　（借方）売上原価　1000　/　（貸方）商品　1000　（減算・留保）

この場合、今期の会計上の受入仕訳

（借方）商品　1000　/　（貸方）売上原価　1000

を計上すると同時に、実地棚卸表の1回分の
マイナス1000円も取り消しして、実地棚卸表の
金額と会計上の棚卸の金額を一致させる予定です。

この法人は毎月、棚卸を計上しているため、
受入仕訳入力後は、現状では期首、期末の棚卸金額が
△2000円されているので両方ともに1000円ずつプラスします。
この考え方は誤りでしょうか？

アドバイスいただければと思います。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】

特にありません。申し訳ありません。