税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】

法人税,所得税＜申告所得税・源泉所得税＞（山形富夫税理士）

【対象顧客】

個人,法人

【前　　提】

・消費税一般課税を選択
・大学へ支払った研究費は100万円（税込10％含む）
　なお、適正に適格請求書を受領（全て10％対象）
・大学からの研究費内訳には、
　①課税分（適格）②課税分（適格以外）③非課税
　と区分されているが、総支払額から全て消費税10％相当額を控除した額が、
　特別試験税額控除対象額として案内されたため、なぜ区分してるのに
　全て10％消費税控除なのか聞いたら、下記質問①の通り修正した額を新たに通知されました。

【質　　問】

①税理士等の第三者確認による金額について
消費税相当額を控除した金額として、
大学側に下記の事項を修正してもらった金額を【特別試験研究費の額】とすべきでしょうか。
・10％課税分（適格以外）は、10％控除でなく、10％×8割の控除
・非課税分は、10％控除はしない

②顧問先の特別試験研究費の額について
当社は大学へ100万円（全て消費税10％対象）を払ってます。
また、前提に記載の大学側の研究費の内訳は、全て合計すると100万円となります。
上記①の修正をしてもらった場合には、大学からの特別試験税額控除対象額は、
その100万円のうち大学が支払った消費税相当額を控除した額なのかと存じます。
なお、大学が免税・一般・簡易のどれなのかは確認してません。
そうなると、顧問先が支払った額100万円の税抜909,090円ですが、
通知額が909,090円を超える場合が生じます。

この場合には、最終的な大学からの特別試験研究費の確認額から、
明細書を見て適格以外と非課税分のみを
消費税10％相当額を控除しなおした額をもって、
顧問先の試験研究費とすべきでしょうか。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】

なし