税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】

公益法人（浦田泉税理士）

【対象顧客】

法人

【前　　提】

・一般社団法人（非営利型、以下A社）
・決算月９月

・現在は、児童福祉法に基づく事業のみを行っている
（計画相談支援事業・放課後等デイサービス事業）
→「非収益事業」に該当すると判断し、法人税・消費税申告はしていない

・放課後等デイサービスの卒業生向けに、当期よりB型就労事業を始める予定
・B型就労事業（飲食店・AI事業）の準備費用の
支出は「開業費」として処理中

***
B型就労事業を始めるにあたり、営業や上流工程を担う
中間窓口会社（株式会社B、以下B社）を設立し、
A社と提携するスキームを相談されています。

会計を簡便化するためです。

【スキーム概要】
① 取引の商流と金額
・外部クライアント→B社（10万円で受注）→A社（5万円で下請け受注）
・B社のマージンは50％程度を想定。


② 各社の役割と実態
B社: 新規営業、顧客窓口、クレーム等のリスク負担、
必要な機材・サーバー費用の負担。

A社: B型事業所の利用者による実作業。


③ B社の組織と雇用形態
・株主／役員: A社代表とは関係の無い「第三者」とする。

・従業員: ITスキルを有するA社の代表理事&その親族を従業員として雇用し、
営業・SEの実務を担当させる。

・給与水準: 親族以外の「第三者の従業員」も雇用し、
親族と完全に同一の基準（同一時給など）で給与を支払う

④ 決議
A社がB社と業務委託契約を結ぶ際、代表理事は
「特別利害関係人」として決議から外れ、
第三者の理事のみで承認決議を行い、議事録を残す想定。


【質　　問】

上記の前提において、以下の点につきご見解をご教示ください。

質問1：非営利型要件の維持について

① B社の株主・役員は第三者ですが、
A社の代表理事一家がB社の従業員として給与を得る構造について、
法人税法施行令第3条第1項第3号の「特別の利益の供与」に抵触し、
非営利型法人の認可が取り消されるリスクはございますでしょうか。

第三者と同条件の給与であることで、労働の対価として
認められると考えておりますが、いかがでしょうか。

② 仮にA社代表理事一家がB社の株主や役員になった場合、
確実に「特別の利益の供与」に抵触し
非営利型法人の認可が取り消されるレベルの論点となるでしょうか。

質問2：寄附金課税（低額譲渡）のリスクについて

B社が50%程度のマージンを得ることに対し、
前述の役割（営業・リスク・コスト負担等）の実態がある場合でも、
A社からB社への「寄附金」として否認されるリスクはどの程度ありますでしょうか。

マージンの妥当性を証明するための、実務的な留意点があればご教示ください。


質問3：A社の「収益事業」開始に伴う税務処理について

当期よりB型就労事業（飲食店・AI下請業務）を開始することにより、
A社に法人税法上の「収益事業」が発生すると認識しております。

これまでの無申告状態から課税事業者へと移行するにあたり、
収益事業開始届の提出タイミングや、区分経理、消費税の取り扱い等で、
特に留意すべき点があればご教示ください。


質問4：その他留意すべき事項

非営利型一般社団法人の顧問経験が浅く、上記の法令解釈と併せて、
同族関係者が絡む取引に関する税務調査の実務上の事例や、
B社側での「みなし役員」認定リスクなど、お気づきの点をお伺いできれば幸いです。

以上、長文となり恐縮でございますが、ご回答よろしくお願いいたします。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】

法人税法施行令第3条第1項第3号
法人税法第37条
法人税法第132条
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律第84条
一般社団法人及び一般財団法人に関する法律第92条