税務相互相談会の皆さん
下記について教えて下さい。

【税　　目】
法人税

【対象顧客】
法人

【前　　提】
※金額や面積は仮の数値です。
１．X年1月に土地A(100㎡)を10億円で取得しました
・適正時価です。
・自己利用目的の取得です。

２．X+1年3月に純粋な第三者より土地Aのうち
　一部(土地a/30㎡)を売ってほしいと要望があり売却することとなりました。
・譲渡代金については正常な交渉ののちに成立した価額です。
・譲渡する部分は土地Aの奥の部分になるため、
　旗竿地の様な形状で譲渡することとなりました。

３．念のため譲渡前後の鑑定評価したところ
　「土地A全体(譲渡前)11億円」「譲渡後の譲渡部分(土地a)2億円」とのことでした。
・残地部分の形状がいびつになるため購入当時より低い㎡単価で算出されている様です。
・譲渡代金と上記鑑定評価額2億円は一致していません。

【質　　問】
今回の譲渡原価は面積按分の予定です。
→10億円×30㎡/100㎡＝3億円
この場合は譲渡損が生じます。

上記に対して取得から譲渡までの時期が近接してることもあるので、
譲渡時のそれぞれの土地の鑑定評価額で按分する方が妥当ではないか？
との意見が挙がりました。
→10億×2/11＝1.8億円
この場合は譲渡益が生じます。

私見になりますが、譲渡原価はその資産の取得に要した金額が
基本とすべきであると考えています。
取得時は土地A100㎡を一体利用を前提に成立した取得価額（㎡単価）であり、
譲渡時の鑑定評価額は形状が変わった後の土地a（㎡単価）ですので、
鑑定評価額で按分することに違和感を覚えます。

ただし、所得税ですが「所得税基本通達38-1の2」には
時価按分も認められているようです。

面積按分により譲渡原価を算出した場合に
税務上合理性が無いとして否認されるリスクはありますでしょうか。

【参考条文・通達・ＵＲＬ等】
所得税基本通達38-1の2
https://www.nta.go.jp/law/tsutatsu/kihon/shotoku/05/18.htm