久保さん

下記について教えてください

【前提】

・製造業を営む法人A及び関連会社B（Aの社長が100％株主の法人で、

Aの調査時に取引を見られて

Bの元帳を要求され提出いたしました。）の調査です。

・Aは開発を行い、試験研究費の税額控除（開発費及び開発のみに携わる

社員3名の給与等を全額試験研究費の額として税額控除）をおこなっています

・Aには海外子会社が香港・台湾・上海にあり、Aは海外子会社からロイヤリティを徴収しています。

ただし金額に決まりがなく、Aの社長と拠点で毎期首に金額の取り決めを行っています

ロイヤリティの金額は元々客観的に見て、少なくないものと感じております。

ただ、香港の業績がずっと良くて利益が香港に貯まっていたこともあり、

香港のみ２年前にロイヤリティの金額を倍にしておりました。

・Bは基本的に動きがない法人で、社員ゼロ。社長のみが代表として動いております。

Aの特許を取得する際、名義のみBで取得しております。これは、

以前Aの業績が悪かったときにAが潰れても特許権は残したかったこと。

ライバル会社にAが特許権を取得しているのを知られたくなかったことなどを理由に

Bの名義で取得しております。　

しかし、特許取得費用等は全てAが負担して、名義利用料として毎月AがBに50万円を支払っております

（Aは支払手数料として損金とするとともに、Bは売上として益金としている）。

これには、万が一特許でトラブルが起きたときに、Bに損害賠償責任が発生する可能性があり

Bにある程度の現預金が必要になる場合があるため、そのような流れとしております。

【税務署指摘事項】

・試験研究費の税額控除について一部、取引先より開発の依頼を受けそれに対する対価をもらっている。

　対価を貰った場合、その部分は開発に含まれないため、その部分の人件費は除かれなければならない。

　修正をするべき

・香港のロイヤリティが上がっているということは、そこを基準にしてその他の子会社も上げないといけない。

　他の海外子会社ロイヤリティもその基準で修正をするべき

・Bはペーパーカンパニーであり、その部分に対する経費は認められない。

またこの部分については重加算税を検討する

【質問事項】

・試験研究費に係る人件費について、対価をもらった期間の開発費については

開発費とならないと税務署に言われておりますが調べてもそのようなものが確認できませんでした。

税務署が指摘していることは正しいでしょうか。

ちなみに元々費用として計上している開発費については、対価部分を控除して開発費として計算しております。

・海外子会社のロイヤリティ部分について、利益の出ている海外子会社からプラスしてロイヤリティを徴収した場合、

この部分を基準としなければならない規定等はありますでしょうか。　

税務署の指摘は正しいでしょうか。

・Bについて実際ペーパーカンパニーに見えてしまうのはやむを得ないとは考えております。

　税務署は特許取得費用は最低限Bが負担すべきと言っております。

例えば特許取得費用が５万円だった場合、Aからの売上を５５万円として、経費が５万円。

結果的には今と同じ利益が50万円となり、変わらないとこちらは主張しております。

　Bも申告をして納税しているのですが、この場合でもAの経費は否認されるのでしょうか？

また、この場合Bの申告について更正の請求は可能になるのでしょうか。

また、税務署は重加算税を検討すると言っておりますが、従わなければいけませんでしょうか。

よろしくお願いいたします。