久保様
お世話になっております。
税務調査にて指摘された事項について、ご意見お聞かせください。

経緯
A社とは７年ほど前から関与させていただいており（A社は既に40期を超えており
ました）関与当初に、回収不能であろう売上債権を３億円ほど（10件ほどの合計）
所持していたことが発覚いたしました。
A社は卸売市場であり、当時は個人相手の信用取引が多く、単価は小さいものの
未回収が溜まってしまったようです。

その内容はどれも相手方が自己破産したもので、関与当初から過去５年以内に自
己破産したのものだけを
回収不能が確定したものとして法人税基本通達9-6-1(1)に基づき更正の請求をし
ました。

しかし、更正の請求をしたところ、所轄税務署より連絡があり、
自己破産は会社更生法等に規定するところの債権の切り捨てには該当しない。
よって、更正の請求の取り下げをしてほしいと連絡があり、その指示に従い更正
の請求の取り下げをしました。
また、当時の税務署よりの指示として、当該債権は会社が債権を諦めたときに貸
倒として処理するよう指導がありました。
それ以降は指導に従い、法人税基本通達9-6-1(4)に該当するものとして、
債権放棄をし、相手方に債権放棄通知を内容証明により送り貸倒処理をしてきま
した。
額は大きいもので1億5千万円ほどあり、こちらについては欠損にならないように
分割して貸倒処理しています。（毎年２千万円～３千万円ほど）
それ以外の債権については一括で貸倒処理をしています。

貸倒処理した債権には下記のものが含まれております。
状況により取り扱いは変わりますでしょうか。
１、もともとは対法人相手の売上債権で、回収努力ののち、代表者個人に対する
貸付金としていたものを、その後、個人が自己破産した債権
２、債権放棄通知の内容証明が戻ってきてしまうものもありましたが、その後も
会社は同じ処理をして貸倒処理をしています（分割処理）
３、残高のわかる資料はあるが、売上当時の元帳は出てきていないもの


その後、この度、税務調査があり、過去の経緯も調査官に話したのですが、
平20.6.26の国税不服審判所の判決事例を根拠に当該貸倒については、
自己破産の際に全額貸倒とすべきと指摘を受けました。

また、更正の請求取り下げ時において税務署より指導を受け、それに基づき貸倒
処理をしていましたが、信義則の原則に反することであると考えますがいかがで
しょうか。

久保様のお考えをお聞かせいただけますでしょうか。
また、どのような反論・対応が適切かお聞かせいただけますでしょうか。