久保さん
お世話になっております。

（前提）
9月決算法人、歯科技工業（A社）、役員（社長）一人のみ
調査期間：３期分、調査官は部門の一番下で、単独での臨場はA社がはじめとのこ
と。
4月中旬に税務調査が2日間入り、帳簿や原簿に不備があり、
2日目が終わる際に、「関係先に反面調査に行くかもしれません」と言われていま
す。
調査中は協力的に対応しており、今のところ関係は良好だと思います。

昨日、金属買い取り業者から連絡があり、「うちに税務署から
問い合わせが来ているが、回答を保留するから、もし申告漏れがあるなら
回答前に修正申告したほうがいい」と言われ、社長も申告漏れを認めたうえで、
その部分だけでも先に修正したいと相談がありました。

（質問）
調査前や調査の指摘を受けての修正申告ではなく、調査中の
修正申告は経験がなく、きっかけが反面調査先からの通報であるため
どうしたものかと悩んでおります。
こちらとしては、「税務調査を受けて、自主的に過去の資料を探したところ
申告漏れが判明したため」と説明するとして、
１．この件のみ先に修正申告したことによる、調査官（上司）の心証や最終的な調査
への
　　影響（前提のとおり、帳簿等不備があり、経費の過大部分の修正もある
　　と推測される、青色取り消しなど）はどうでしょうか？
　　反面調査先へはすぐに回答してもらって、他の指摘事項とあわせて
　　交渉等したほうがよいでしょうか？
２．修正申告するとなった場合、３期分と上記の説明で納得してもらえるでしょう
か？
　　その以前にも、金属の売却があったことが（私は）把握しています。
３．修正方法として、「貸付金処理を主張してみる」との記事を読みましたが
　　交渉や反論の場ではなく、事前に調査官に通知もなく申告すると、問題でしょう
か？

以上、よろしくご教示ください。