お世話になっております。

個人契約の自宅兼事務所について
ご質問させて頂きます。

前提条件
・法人Ａは左官工事業をおこなう建設業法人
　現在8期目2月決算、売上高　7,000万円

・法人Ａは、法人Ａの代表取締役の自宅を、一部事務所として使っている。

・当該自宅兼事務所の賃貸借契約は、
代表取締役個人と大家さんで、居住用として契約している。

・家賃総額は月15万円。
そのうち6万円(4割)を法人の経費として計上している。

・当該賃貸借契約した際の支出である礼金、仲介手数料、敷金の全額を
　法人の負担として、会計処理している。

①敷金　30万円(敷金として資産計上)
②礼金　30万円(長期前払費用として資産計上、2年で償却)
③仲介手数料　16万2千円(支払手数料として費用計上)

質問
この度、法人Ａに税務調査が入りました。
代表個人で契約した賃貸借契約である、自宅兼事務所の家賃総額月15万のうち、
4割である6万円は経費として認められたのですが、
敷金・礼金・仲介手数料に関しては、
全額代表取締役である個人の役員給与と課税すると言われています。

家賃に関しては、4割部分が実態からみて
法人の経費として認められているので、
敷金・礼金・仲介手数料に関しても、
4割部分は法人の経費・資産として認められないのでしょうか。

税務調査官の意見では、4割部分の費用は、
賃貸借契約後、法人で使っている部分が
実態としてあるため、実費部分については、
会社の費用として認める。

しかし敷金・礼金・仲介手数料については、
・契約者が個人であれば（敷金・礼金・仲介手数料）は、個人が払う費用である。
・家を借りるのは、社長個人が行った行為
・そこでかかる費用は社長個人が払うものである。

さらに調査官の意見の追加として
・誰が家を借りたのか？
・法人の契約であれば法人の負担になるが、契約名義人に従って経費の負担の帰属になる
・誰が礼金・仲介手数料・敷金の費用を払わなければならないかを、
　契約に従って判断した（ので、4割であっても、会社の費用としては認めない）。
と言っています。

上記のような調査官の意見について、
今後どのように対応をしていけば良いか
ご教授よろしくお願い申し上げます。