お世話になります。

建設業を営む法人の税務調査です。
未成工事支出金に漏れがありました。
税理士事務所の担当職員が漏らしたものです。
金額も大きく不自然な漏れ方をしており、また、同じように２期連続で漏れている、
ことから、社長の指示によるものであることを疑われ、重加算を匂わしています。
社長は指示をした覚えはない、と主張しています。
税理士事務所の担当職員は、すでに退職をしているのですが、
国税局の調査官は、その辞めた職員に事情を聞きに行くと言っており、
それが嫌であれば、社長の指示を認めるようにと迫ってきます。
この税理士事務所の元担当は、仕事に対する姿勢や能力に問題がある職員で、
半ば解雇をした経緯があり、もしかしたら、腹いせに社長の指示である、と嘘を
言う可能性もあります。
この場合、社長は指示した覚えがない、元担当は社長に指示された、と主張が異なる
ことになるのですが、重加算とされないためにはどのように対処することが得策しょ
うか？
ちなみに、調査官は国税局の資料調査課の主査です。
主査をリーダーとして、その他10名が動いています。
この主査は、税務署でいうところの統括官の立場のような権限があるのでしょうか？
よろしくお願い致します。