固定資産除却損について質問させていただきます。

会社は6年以上前から所在の不明であった（棚卸対象外とされており所在が確認されていなかった）固定資産について、調査を実施したところ存在しないことが明らかになったため、当年度において固定資産除却損として特別損失で損金処理を行った。

これに関して税務当局（関信局）は会社が調査官に対しておこなった「当該固定資産は機械の一部（付属部品のようなもの）であるのでの本体の固定資産と一緒に売却されたにもかかわらず、台帳上、本来は枝番管理をされるところを別の資産として管理されていたことにより、台帳上の売却処理がされていなかったのではないか」（あくまで推測）という説明をうけ、
当該固定資産については6年以上前から不明とされており、また会社の説明から、6年以上前になくなっていたと考えられることから、損失については当事業年度の損失ではなく6年以上前の年度の損失として修正（更生）するべきである。ただし、当該損失については5年を超えており更生請求期間を超過しているため更生の請求は出来ない。
と主張した。

これに対して、会社としては調査を行うまではその所在は明らかでなく、調査を行うことにより固定資産が存在しないことがはじめて明らか（確実）になった。したがって、固定資産が存在しないことが明らか（確実）になった時点をもって損失が明確かつ確実となり、その時点で損失（損金）計上するのが当然であると主張した。

しかし、当局は会社の当該調査において固定資産の所在がないことは明らかとなったが、それは実際になくなった日ではない。したがって実際に固定資産がなくなった事実に基づきその事実が発生したときに損失が発生し、その時点で損金処理するべきであると主張。（亡失という事実については否定しないが亡失がいつ発生したかということについては、確認できた時点ではなく、実際に亡失した時点であるということ）

この場合、何をもって損失（税法上）となるかが争点になるのではないかと考えますが、これを是認にもっていくためにどのように対抗すればいいでしょうか。
実際にどのような資料（根拠）を整え、準備をおこなえばよろしいでしょうか。