税務調査の事前通知（調査通知）後に申告内容等を見直した上で、誤り等があった場合に事前に修正申告をすることで、過少申告加算税が減免されることになるわけですが、それでは当初申告において「仮装・隠ぺい」があった場合、その修正申告によって重加算税はどうなるのでしょうか。
本稿では、税務調査前の修正申告を提出することと、重加算税の関係について解説します。
税務調査前の修正申告と加算税～税制改正
税務調査の事前通知後に申告内容等を見直した上で、誤り等があった場合に事前に修正申告をする、という行為は、かなり広まったかと思います。
ただ、この行為があまりに広まり過ぎた結果として、平成２８年度税制改正によって、「調査通知」後の修正申告であれば、５％の加算税が課されることになりました。
「加算税制度（国税通則法）の改正のあらまし」
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/sonota/kasan.pdf
具体的には、下記のように改正されました。
・「調査通知」とは、①実地の調査を行う旨、②調査の対象となる税目、③調査の対象となる期間の３項目の通知をいう
・平成２９年１月１日以後に法定申告期限又は法定納期限が到来する国税から適用
ここで新たに発生する重加算税の疑問
さて、ここで新たに「重加算税」について疑問がわくことになります。
事前通知（調査通知）後に、経営者から「仮装・隠ぺい行為がある」ことを告げられ、調査前に修正申告をしたとしても、結局は重加算税が課されるのではないか？という疑問です。
なぜなら、論理的に考えると、
事前に修正申告をする
⇒
過少申告加算税が課されない
⇒
だから重加算税も課されない
となっていたものが、
事前に修正申告をする
⇒
過少申告加算税は５％課される
⇒
過少申告加算税を課される要件を具備している以上、重加算税が課されてしまうのでは？
と解釈できるからです。
事前に修正申告すれば重加算税は課されるのか？
結論から書くと、改正後の適用があっても、事前に修正申告をすれば、重加算税は課されないことになります。
上記の調査通知が改正された中で、重加算税を規定する国税通則法第６８条第１項がカッコ書きが改正されています（下記、後段のカッコ書きは省略）。
第６５条第１項（過少申告加算税）の規定に該当する場合（修正申告書の提出が、その申告に係る国税についての調査があつたことにより当該国税について更正があるべきことを予知してされたものでない場合を除く。）において、納税者がその国税の課税標準等又は税額等の計算の基礎となるべき事実の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装し、その隠蔽し、又は仮装したところに基づき納税申告書を提出していたときは、当該納税者に対し、政令で定めるところにより、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額に係る過少申告加算税に代え、当該基礎となるべき税額に１００分の３５の割合を乗じて計算した金額に相当する重加算税を課する。
このカッコ書きで規定されているのは、【更正の予知前にされた修正申告には重加算税を課さない】ということです。
つまり、改正後の重加算税要件は、
●調査通知後の過少申告加算税（５％）が課される要件が具備されていても
●更正の予知前であれば重加算税が課されることはない
ということになります。
「更正の予知」はどのタイミング？
なお、調査初日までに修正申告をすれば確実に「更正の予知前」となります。
「法人税の過少申告加算税及び無申告加算税の取扱いについて（事務運営指針）」
https://www.nta.go.jp/law/jimu-unei/hojin/100703_01/00.htm
第１ ２
(注) 臨場のための日時の連絡を行った段階で修正申告書が提出された場合には、原則として「更正があるべきことを予知してされたもの」に該当しない。
上記は「法人税」の事務運営指針を挙げましたが、他の税目であっても同じ規定が事務運営指針に定められていますので、税務調査が始まる前までは確実に、更正の予知に当たらないと考えてください。
とにかく税務調査前に修正申告すればいい
税務調査の事前通知（調査通知）を受けてから、（当初）申告の内容を見直したうえで誤り等があった場合、さらには「仮装・隠ぺい」行為があった場合でも、税務調査が始まる前に修正申告をすれば加算税・重加算税は減免されることは確実です。
この点、「当初申告で仮装・隠ぺいがあったから」など考えず、とにかく税務調査前に修正申告すればいい、ということを理解してください。
