いつもお世話になっております。
標記の件、一点、伺います。

（事実関係）

A社の調査は昨年の10/31が初日で3日の臨場があり、いま、ようやく終わろうとしている。
最終的に、以下の3点の論点があった。

A）クレカ明細のみの保管で、利用時の領収書がなかった。消費税が約100万円追徴。
B）消費税の課税区分誤りがあり、消費税が還付されることになった。消費税が約500万円還付。
C）クレカ明細のなかに、社長の個人使用のものがあり、社長貸付となった。法人税が40万円と消費税が16万円追徴。

調査官は、A）のみを修正申告して欲しい。B）は別途、更正の請求をして欲しい、とのこと。

（ご質問）

1）
今回のように、調査の一部だけを修正申告し、あとは別途更正の請求をしてくれというのは、普通にあるのでしょうか？
B)においても、消費税が還付される分経費が減って、法人税が増えるので法人税も修正申告することになります。
消費税の更正の請求は仕方ないにしても、法人税を2回も修正申告するのが面倒なのですが。

2）
B)について更正の請求をすると、改めて資料などを求められるのでしょうか？
すでに提出済で、面倒なので改めて提出は避けたいです。

3）
A)については、不問に付されることはありえますか？

4）
B)については資料を提出しない（今回すでに提出済の資料を見てもらう）こと、A)は無視することを条件に、
今回、修正申告しますという駆け引きはできますか？しないほうがいいですか？

以上、どうぞよろしくお願いします。