久保さん

いつもお世話になっております。


（前提）
〇6月決算の法人。

〇会社は従前より7月に支払う夏季賞与を6月に未払計上していた。

〇平成31年初頭に税務調査が入り、平成30年6月期に未払計上した
平成30年7月支給の夏季賞与については損金計上が否認され、修正申告したが
平成28年6月期、平成29年6月期に未払計上した平成28年7月支給および
平成29年7月支給の夏季賞与は何ら指摘を受けなかった。

〇令和3年初頭に税務署から連絡があり、平成30年6月期は未払夏季賞与の損金算入が
否認されたことにより所得拡大税制の適用ができないと思われるため修正をしてほしい
と言われた。
しかし、すでに平成30年6月期の税務調査は終了しており、
税務署の調査官は「これは行政指導です」とのことだったので、
修正に応じる必要はないと判断し、修正に応じなかった。
（なぜ今頃になって言ってくるのかと聞いたら、会計検査院から指摘を受けたためとのこと）

〇令和5年4月に税務署から再び連絡があり、令和元年6月期の所得拡大促進税制の計算につき、
比較年度である平成30年6月期の数値は、平成29年7月支給の夏季賞与を含める
必要があると指摘された。（「現状は行政指導です」と言われた）
なお、令和元年6月期は、平成31年初頭の税務調査では対象外の年分です。


（質問）   
（１）すでに税務調査が終了し、何ら指摘を受けなかった内容（平成29年6月期に
平成29年7月支給の夏季賞与を未払計上していること）について、
その後の年分（令和元年6月期）の所得拡大促進税制の計算上、あるべき数値に修正する
（平成29年7月支給の夏季賞与は平成30年6月期の雇用者給与等支給額に含める）
必要はあるのでしょうか。

根拠となる条文等は見つかりませんでしたが、国税庁HPのNo.5927-2 
給与等の支給額が増加した場合の法人税額の特別控除（中小企業者等における
賃上げ促進税制（旧：所得拡大促進税制））の記載では、
「（注2）雇用者給与等支給額とは、法人の適用年度の所得の金額の計算上
損金の額に算入される国内雇用者に対する給与等の支給額をいいます。」
と書かれていて、「損金の額に算入されるべき」となっていないため、
すでに過去の税務調査にて申告是認された内容を、その後の
年度の所得拡大税制の計算上、あるべき金額に修正する
必要はないのではないかとも取れるように思います。


（２）現状は行政指導にとどまっているため、選択肢としては
①行政指導に応じて修正申告を自主的に行う
②行政指導に応じない
のいずれかになりますが、

（１）のご回答で、令和元年6月期の所得拡大税制の計算上、
平成29年7月支給の夏季賞与（現状は平成29年6月に未払計上して是認されている状態）
を、あるべき形に直す（平成30年6月期に計上する）必要があるとした場合、
どちらの対応が好ましいと言えるでしょうか。

税務署の担当官に聞いてみたところ、もし②を選択しても行政指導にとどまるので
現時点では何も不利益はないが、この後税務調査を行うとなった場合は、当該指導内容を指摘する
ことになると言われました。


（３）税務署からは、行政指導に応じて修正申告する、もしくは行政指導に応じないの
いずれの場合も、所得拡大促進税制についてあるべき額で計算した場合の計算資料を
出してほしいと言われています。
もし（２）①のとおり行政指導に応じて修正申告を自主的に行うのであれば、
当然ながら計算資料も添付することになろうかと思いますが、
（２）②のとおり行政指導に応じない場合、計算資料を出す・出さないことによる
メリットや不都合な点として考えられることを教えてください。


（４）行政指導が、会計検査院から税務署への指摘に基づくものである場合、
納税者としては、行政指導の段階で修正に応じておくのが一般的には無難と
いえるでしょうか。


（参考条文・通達・ＵＲＬ等）
国税庁HP　No.5927-2 給与等の支給額が増加した場合の法人税額の特別控除（中小企業者等における賃上げ促進税制（旧：所得拡大促進税制））
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/hojin/5927-2.htm



以上、よろしくお願いいたします。