久保さん
いつもお世話になっています。

退職所得を１年に２回以上受け取っていた場合の計算誤りについて
横から質問させてください。

＞一方で、法人側に「源泉計算が間違ってる」と指摘したところで、
＞過少源泉部分を追加負担しなければなりませんので、
＞（当然ですが）結果としては同じ税額になり、
＞じゃあ確定申告で帳尻を合わせるしかない、となります。

似たような状況で、確定申告で帳尻を合わせようかと話していたのですが、
国税のHPでそれは出来ないと書いてあります。
https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/gensen/04/06.htm

しかしながら、税務調査時に源泉税に関しては、
「確定申告で済んでいるなら問題にしません」
といった反応が国税と話していて返って来ます。

国税としては、
原則的には会社で源泉徴収をやりなおすべきだが
確定申告で帳尻を合わせたものまで、掘り返すつもりはない
くらいの感覚なのでしょうか。

ともかく、対応として、
「確定申告で帳尻を合わせる」で問題が生じる恐れはないでしょうか。
よろしくお願いします。