いつもお世話になっております。

久保さんとは以前にお会いしておりますが、初めての投稿となります。

消費税の確定申告時に控除税額の計算方法を95％ルールにより全額控除していた会社
が税務調査を
受け、課税割合が95％以下となってしまった場合の計算方法についての質問です。

（前提）

消費税の確定申告時の非課税売上が受取利息の89円だけであるため、課税売上割合は
99.99％となり
控除税額は全額控除となっています。
税務調査で非課税売上となる収入を追加認定され、課税売上割合が95％以下になって
しまいました。
消費税の確定申告時には、添付書類として科目別税区分内訳書を提出しており、仕入
科目については、
課税売上対応仕入と非課税仕入及び対象外に区分し共通仕入の科目はありません。
税務署は、共通仕入が無いので一括比例配分方式を選択したものとみなし、一括比例
配分方式での
修正申告が必要であると指摘されています。

個別対応方式については、消費税法30②一において、その課税期間における課税仕入
等の全てに
ついて、課税売上対応分、非課税売上対応分及び共通対応分に明らかにされている場
合に適用できる
方法とあります。

一括比例配分方式は、消費税法30②二において、個別対応方式を適応しない場合、つ
まり、その課税
期間における課税仕入れ等を課税売上対応分、非課税売上対応分及び共通対応分にそ
の区分が明らかに
されていない場合に適用する、又は区分が明らかにされている場合であっても適用で
きる計算方法です。
となっています。


（質問）

確定申告時には、課税売上割合が99.99％であったため、全額控除して申告せざるを
得ない状況にあり
ましたので、個別対応方方式も一括比例按分方式も選択できませんでした。
今回の税務調査にて非課税売上が加わったことで、控除方式の選択の余地が出来た訳
ですので、改めて
修正申告で個別対応方式を選択する事は出来ないものでしょうか。
又、共通部分の経費区分がされていなかった事につき、受取利息が89円
（0.0000008％）であることで、
共通経費なしと判断した事の間違いとして、個別対応方式を選択していたものとする
言い分は通らない
ものでしょうか。

以上、よろしくお願い致します。